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sqlalchemy 报错 Lost connection to MySQL server during query 解决

作者：goldsunshine

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最近在开发过程中遇到一个sqlalchemy lost connection的报错，记录解决方法。

报错信息

python后端开发，使用的框架是Fastapi + sqlalchemy。在一个接口请求中报错如下：

[2023-03-24 06:36:35 +0000] [217] [ERROR] Exception in ASGI application
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/uvicorn/protocols/http/h11_impl.py", line 407, in run_asgi
    result = await app(  # type: ignore[func-returns-value]
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/uvicorn/middleware/proxy_headers.py", line 78, in __call__
    return await self.app(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/fastapi/applications.py", line 199, in __call__
    await super().__call__(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/applications.py", line 112, in __call__
    await self.middleware_stack(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/middleware/errors.py", line 181, in __call__
    raise exc from None
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/middleware/errors.py", line 159, in __call__
    await self.app(scope, receive, _send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/middleware/base.py", line 26, in __call__
    await response(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/responses.py", line 224, in __call__
    await run_until_first_complete(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/concurrency.py", line 24, in run_until_first_complete
    [task.result() for task in done]
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/concurrency.py", line 24, in <listcomp>
    [task.result() for task in done]
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/responses.py", line 216, in stream_response
    async for chunk in self.body_iterator:
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/middleware/base.py", line 56, in body_stream
    task.result()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/middleware/base.py", line 38, in coro
    await self.app(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette_exporter/middleware.py", line 289, in __call__
    await self.app(scope, receive, wrapped_send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/exceptions.py", line 82, in __call__
    raise exc from None
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/exceptions.py", line 71, in __call__
    await self.app(scope, receive, sender)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/routing.py", line 580, in __call__
    await route.handle(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/routing.py", line 241, in handle
    await self.app(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/routing.py", line 55, in app
    await response(scope, receive, send)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/responses.py", line 146, in __call__
    await self.background()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/background.py", line 35, in __call__
    await task()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/background.py", line 20, in __call__
    await run_in_threadpool(self.func, *self.args, **self.kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/starlette/concurrency.py", line 40, in run_in_threadpool
    return await loop.run_in_executor(None, func, *args)
  File "/usr/lib/python3.8/concurrent/futures/thread.py", line 57, in run
    result = self.fn(*self.args, **self.kwargs)
  File "/app/ymir_app/app/libs/datasets.py", line 330, in ats_import_dataset_in_backgroud
    task = crud.task.create_placeholder(
  File "/app/ymir_app/app/crud/crud_task.py", line 81, in create_placeholder
    db.commit()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 1428, in commit
    self._transaction.commit(_to_root=self.future)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 829, in commit
    self._prepare_impl()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 808, in _prepare_impl
    self.session.flush()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 3298, in flush
    self._flush(objects)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 3438, in _flush
    transaction.rollback(_capture_exception=True)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/util/langhelpers.py", line 70, in __exit__
    compat.raise_(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 207, in raise_
    raise exception
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 3398, in _flush
    flush_context.execute()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/unitofwork.py", line 456, in execute
    rec.execute(self)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/unitofwork.py", line 630, in execute
    util.preloaded.orm_persistence.save_obj(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/persistence.py", line 242, in save_obj
    _emit_insert_statements(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/orm/persistence.py", line 1219, in _emit_insert_statements
    result = connection._execute_20(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1582, in _execute_20
    return meth(self, args_10style, kwargs_10style, execution_options)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/sql/elements.py", line 323, in _execute_on_connection
    return connection._execute_clauseelement(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1451, in _execute_clauseelement
    ret = self._execute_context(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1813, in _execute_context
    self._handle_dbapi_exception(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1994, in _handle_dbapi_exception
    util.raise_(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 207, in raise_
    raise exception
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1770, in _execute_context
    self.dialect.do_execute(
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sqlalchemy/engine/default.py", line 717, in do_execute
    cursor.execute(statement, parameters)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/cursors.py", line 148, in execute
    result = self._query(query)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/cursors.py", line 310, in _query
    conn.query(q)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 548, in query
    self._affected_rows = self._read_query_result(unbuffered=unbuffered)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 775, in _read_query_result
    result.read()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 1156, in read
    first_packet = self.connection._read_packet()
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 692, in _read_packet
    packet_header = self._read_bytes(4)
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 748, in _read_bytes
    raise err.OperationalError(
sqlalchemy.exc.OperationalError: (pymysql.err.OperationalError) (2013, 'Lost connection to MySQL server during query')
[SQL: INSERT INTO task (name, hash, type, state, parameters, config, percent, duration, error_code, user_id, project_id, dataset_id, model_stage_id, is_terminated, is_deleted, last_message_datetime, create_datetime, update_datetime) VALUES (%(name)s, %(hash)s, %(type)s, %(state)s, %(parameters)s, %(config)s, %(percent)s, %(duration)s, %(error_code)s, %(user_id)s, %(project_id)s, %(dataset_id)s, %(model_stage_id)s, %(is_terminated)s, %(is_deleted)s, %(last_message_datetime)s, %(create_datetime)s, %(update_datetime)s)]
[parameters: {'name': 't0000001000012b2ae341679639795', 'hash': 't0000001000012b2ae341679639795', 'type': 5, 'state': 1, 'parameters': '{"group_name": "from_ats_6579a9116a", "description": null, "project_id": 12, "input_url": null, "input_dataset_id": null, "input_dataset_name": null, "input_path": "/data/ymir-workplace/ymir-sharing/3c87e23bb8904b638a9479d6e68aea23", "strategy": 4, "source": 5, "import_type": 5}', 'config': None, 'percent': 0, 'duration': None, 'error_code': None, 'user_id': 1, 'project_id': 12, 'dataset_id': None, 'model_stage_id': None, 'is_terminated': 0, 'is_deleted': 0, 'last_message_datetime': datetime.datetime(2023, 3, 24, 6, 36, 35, 351864), 'create_datetime': datetime.datetime(2023, 3, 24, 6, 36, 35, 351870), 'update_datetime': datetime.datetime(2023, 3, 24, 6, 36, 35, 351873)}]
(Background on this error at: http://sqlalche.me/e/14/e3q8)

主要报错信息是：
sqlalchemy.exc.OperationalError: (pymysql.err.OperationalError) (2013, 'Lost connection to MySQL server during query')

在网上搜了很多答案包括：

  1. 设置sqlalchemy 回收链接的时间为10分钟 pool_recycle
    engine = create_engine(url, pool_recycle=600)

  2. 设置每次session操作之前检查 pool_pre_ping
    engine = create_engine("mysql+pymysql://user:pw@host/db", pool_pre_ping=True,pool_recycle=1800)

  3. 不使用连接池
    engine = create_engine("mysql+pymysql://user:pw@host/db", pool_pre_ping=True,pool_recycle=-1)

  4. 检查数据库设置的连接超时时间

经过以上一些列操作还是不能解决问题。于是仔细分析这个问题出现的原因。

分析问题原因

从字面意思来看就是数据库在查询时丢失了连接，这里的连接也就是session。这个接口是一个操作很多的任务，要下载大量数据集，通常在20G以上，所以设计成异步接口。请求接口之后获取一个数据库session，然后处理简单任务直接返回一个成功的状态，最后将耗时任务放在后台任务完成。这里的后台任务是Fastapi自身的功能，专门用于处理一些小型的耗时任务，如发送邮件等。lost connect 就是发生在后台任务中。
抽象任务流程：

  1. 用户调用接口时获取session
  2. 异步接口直接返回
  3. 后台任务下载数据库30分钟左右
  4. 下载完成更新数据库状态，错误发生。

所以通过分析这个任务的流程可以发现是持有session过长导致的。从接口请求的开始就获取了该session，然后将session传递到后台任务中，经过30分钟之后才再次使用该session，就发生了lost connection的问题。

解决办法

知道问题症状所在就知道如何对症下药的了，就是在后台下载任务30分钟之后更新数据库时重新获取一个session，不复用之前的session，这样就就解决了这个问题。

这个问题之所以没有发现是因为按照官网的介绍pool_recycle字段就是负责回收session，配合pool_pre_ping每次使用session之前检查一次就能解决这个session断联的问题。但是似乎在配置的pool_recycle醒没有生效。

可能这个问题是我自身没配置好导致的，但是也可以作为解决此类问题的一个思路。遇到类似问题排查时思考一下，是不是持有session时间过长。

附录猜测过程

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    原文：https://www.cnblogs.com/plokmju/p/android_Handler.html 前言 　　Android的消息传递机制是另外一种形式的“事件处理”，这种机制主要是为了解决Android应用中多线程的问题，在Android中不允许Activity新启动的线程访问该Activity里的UI组件，这样会导致新启动的线程无法改变UI组件的属性值。但实际开发中，很多地方需要在工作线程中改变UI组件的属性值，比如下载网络图片、动画等等。本篇博客主要介绍Handler是如何发送与处理线程上传递来的消息，并讲解Message的几种传递数据的方式，最后均会以小Demo来演示。   Handler 　　Handler，它直接继承自Object，一个Handler允许发送和处理Message或者Runnable对象，并且会关联到主线程的MessageQueue中。每个Handler具有一个单独的线程，并且关联到一个消息队列的线程，就是说一个Handler有一个固有的消息队列。当实例化一个Handler的时候，它就承载在一个线程和消息队列的线程，这个Handler

  • 25 每日一更

    1#coding=utf-8 2#Createdbydandingat2019/10/31 3 4frommathimport* 5 6defjiechenghe(num): 7list=[] 8k=1 9foriinrange(1,num+1): 10k=k*i 11list.append(k) 12sum=0 13foriinlist: 14sum+=i 15 16print('前{}项的阶乘和是:{}'.format(num,sum)) 17 18while1: 19try: 20num=input('提示:输入"q"退出程序。\n请输入前几项数字的阶乘和:') 21ifnum.lower()=='q': 22break 23num=int(num) 24except: 25print('请输入数！') 26continue 27jiechenghe(num)复制  

  • HDU 5040 Instrusive(最短路)

    题目： http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=5040 题意：从'M'到 'T'最短路程，每次只能走四个方向，并且有一些摄像头每个时间点都会转变下方向(初始方向给出).你有一个box，你在没有罩box的情况下不能被照到，可以在点上等待，也可以罩着box走(时间会慢成3个单位)。 思路：就是一个最短路问题，只要算出在当前时间点u->v最多要花多时间才能到就行了(最多是3)，用spfa跑。 1#include<cstdio> 2#include<cstring> 3#include<algorithm> 4#include<vector> 5#include<queue> 6 7usingnamespacestd; 8typedefpair<int,int>PII; 9constintMAXN=505; 10constintdir[4][2]={-1,0,0,1,1,0,0,-1};//NESW 11constintINF=0x3f3f3f3f

  • 我与计算机

    1、《我与计算机》①我是张淑雅，第一次接触计算机是在小学五六年级的时候，那时候觉得计算机很神秘。觉得计算机就是个百宝箱，想干啥都行，计算机知道你不知道的任何东西。后来接触到了计算机，期初没有网络，就在上面晚一些4399之类的游戏。小学的时候机房的电脑都是2、3人一台，到了初中，学校的电脑都是一人一台一位的，所以在计算机老师的带领下，我又学到了好多东西，打字软件、Office办公软件。初中学习紧任务重，再没怎么琢磨电脑，有时就是打打字，看看电影什么的。中招考试年后，因为成绩的不理想，最终在普高和职高的选择下，选择了职高，当然是计算机专业。以为学了这个专业肯定能成为心目中的“黑客”什么的，到了开学，一切跟我想象的都不一样了。什么VisualBasic什么ACCESS数据库、组装与维护、计算机网络，更让我纠结的就是计算机的构造、路由器交换机。其实让我感兴趣的是VB，一款基础的编程软件，有许多控件供你选择，代码也是很好理解在现在的我看来，于是我学习VB很认真，在一次家长会我展示了自己“开发”的一个小程序吧，其实这个程序没什么特别的，就是把许多程序集中到一个程序里，再加以美观外表。高中毕业了，来

  • 前端项目搭建准备流程

    目录前端项目搭建准备流程1.客户端项目搭建1.1创建项目目录1.2初始化项目1.3安装路由vue-router1.3.1下载安装路由组件1.3.2配置路由1.3.2.1初始化路由对象1.3.2.2注册路由信息1.3.2.3在视图中显示路由对应的内容1.3.3路由对象提供的操作1.3.3.1页面跳转(站内)1.3.3.1.1router-link标签跳转1.3.3.1.2this.$router.push()跳转1.3.3.2参数传递1.3.3.2.1获取查询字符串1.3.3.2.2获取路由参数2.ElementUI2.1快速安装ElementUI2.2配置ElementUI到项目中2.3注意点3.首页3.1创建首页组件3.1.1创建首页对应的路由 前端项目搭建准备流程 1.客户端项目搭建 1.1创建项目目录 cd项目目录[荏苒资讯] vueinitwebpackrenran 复制 例如，我要把项目保存在桌面下的子目录renran~/Desktop/renran，可以如下操作： cdDesktop/renran vueinitwebpackrenran_pc 复制 打开项目已经，在py

  • 微信登录 10003 easywechat laravel

    确定网址和网页授权域名一致，在回调里面需要加上http 如果在redirect()里面填入url要加上http 直接在配置文件加上回调地址就不会出问题，会自动加上http

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