生物信息-软件安装

作者：xiaohoulaoyue

软件安装——conda 下载

从终端进wsl:

wsl

WSL2下安装conda
1.wget: unable to resolve host address解决方法

vim /etc/resolv.conf
nameserver 8.8.8.8 #google域名服务器
nameserver 8.8.4.4 #google域名服务器

2.Windows中WSL2（子系统）设置默认root用户登入修改conf文件出现报错：

E212: Can't open file for writing Press ENTER or type command to continue

原因：

1.当前用户的权限不足

2.此文件可能正被其他程序或用户使用。
一般错误原因都是前者，解决方案是在使用vi命令打开文件时，前面加上sudo来临时提供管理员权限，比如使用命令“sudo vi hosts”打开编辑文件。
或者直接设置root登录
执行命令：

ubuntu2204.exe config --default-user root

值得一提的是，退出root用户命令为：

ubuntu2204.exe config --default-user 用户名

之后重启WSL2
3.使用wget命令下载miniconda.sh
http://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

wget http://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

之后我们使用bash命令来运行安装包，并将conda添加到环境变量

vi .bashrc
在.bashrc文件中添加 export PATH=/home/wuhouo/miniconda3/bin:$PATH

如果在安装的时候选择了Init操作，则不需要上面的命令

软件安装——配置channels

1.编写.condarc文件

channels:
 - bioconda
 - conda-forge
 - r
 - defaults

2.搜索fastqc

conda search fastqc

3.安装

conda install fastqc

软件安装：安装blast,hisat2,trinity

软件安装——R Rstudio

来自CRAN：BiocManager,devtools,tidyverse,gridExtra,pheatmap,ggpubr,ggplot2,ggsci

options(repos=" ")#换镜像channels
install.packages("tidyverse")

来自bioconductor：DESeq2,edgeR,GEOquery,ClusterProfiler,limma,org.Hs.eg.db,PCAtools,EnhancedVolcano

options(BioC_mirror=" ")
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")

来自github
1.使用devtools：

 if (!requireNamespace('devtools', quietly = TRUE))
        install.packages('devtools')

    devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools')

2.自行打包安装

install.packages("pkgbuild")
pkgbuild::build("需要打包的文件路径" "打包后存入的文件路径")#获得的文件是.tar.gz文件
install.packages("打包后存入的文件路径",repos=NULL)

升级R包

remove.packages("")
library("rvcheck")
uodate_all()

生信linux基础

目录操作

ls
ll = ls -l
cd

文件查看

less #查看文件（可翻页）
cat #一次性查看所有文件

j - 向下移动
k - 向上移动
q - 退出 less 
- -chop-long-lines或 - -ch  - 开启水平滚动
/ - 搜索
&something - 只显示文件中包含某些内容的行  #为了移除过滤器，只需键入 &<ENTER> 

常用less -s:显示连续几行空行为一行

管道和重定向

做一个六边形战士

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引入在工程代码中，都会有较为规范的日志信息，除了表达函数是否正常执行、变量值为多少等调试信息外，还有功能模块、打印等级（debug打印、error打印）、所在文件、行数以及函数等信息。有两种方法可实现，如下：定义自己的打印函数voidprint_log(intfunctionModule,intprintLevel,char*format,...); 复制可以在函数内加入时间、文件名、行号以及函数名等信息。定义各个功能模块的日志信息不定参数宏/*FTP为宏定义*/ #defineFTP_DEBUG(level,arg...) DEBUG(FTP,level,##arg) #defineDEBUG(module,level,format,...) print_log(module,level,format,##__VA_ARGS__); 复制虽然还是通过不定参数函数实现，但是通过给不同功能模块定义不同的打印宏，使得日志信息表达含义更加明确。是什么通过把宏参数列表中最后的参数写成省略号（...），使其可以接受数量可变的宏参数。表现形式不定参数宏__VA_ARGS_
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swift使用匿名函数初始化属性匿名函数格式： { //代码体 }() 复制大括号是定义函数体的，小括号()是调用函数体的。为什么不写一个函数然后调用函数呢？为何用匿名函数呢？主要还是代码的简洁性. 举个? privatelazyvarguideScrollView:UIScrollView={ letview=UIScrollView.init() view.backgroundColor=UIColor.lightGray view.bounces=false view.isPagingEnabled=true view.showsHorizontalScrollIndicator=false view.delegate=self returnview }() 复制上述代码简单清晰明了，如果使用函数，要先写一个函数，然后再去调用，麻烦许多，代码也不明朗。当时，你也可以使用闭包来这样初始化 privatelazyvarguideScrollView={（）->UIScrollViewin letview=UIScrollView.init() view.backgr
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1、fdisk-l #查看磁盘情况 2、fdisk/dev/sda PS：n是创建新分区，p是设置成主分区，回车、回车、w保存即可 3、fdisk-l #查看磁盘情况 PS：可以看到sda4就是刚才创建的主分区，但是sda4还没挂载无法使用，此时先reboot重启系统 4、mkfs-text3/dev/sda3 #格式化新分区为ext3格式 5、lvs# 查看lv信息 6、pvcreate/dev/sda4# 将物理硬盘分区初始化为物理卷，以便LVM使用,输入指令 PS：这里会询问是否要初始化，输入y回车 7、df-h #查看lvm组名 PS：红框处就是组名 8、vgextendcentos/dev/sda4#增加卷组的容量 9、vgdisplay #查看可以扩展空间大小 PS：红框处就是可扩展的空间，扩展

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